SELECCIÓN ITALIANA

Baggio hizo 27 goles en 56 partidos con la selección de fútbol de Italia, la cuarta cifra más alta de la historia de la azzurra. Es además el único jugador italiano que ha jugado y anotado en tres mundiales, con un total de 9 goles, junto a Paolo Rossi. Pese a sus estadísticas, no pudo conquistar ningún trofeo oficial con el combinado nacional.

 Baggio jugó con Italia en el Mundial 1990 con el rol de suplente marcando el "gol del Mundial" contra Checoslovaquia en la fase de grupo. Con el paso del campeonato, Baggio se ganó el puesto de titular y formó una muy buena pareja junto a Salvatore Schillaci. Anotó otro gol en el partido de consolación frente Inglaterra.

 Baggio llegó al Mundial 1994 como el líder de la selección azzurra, tras un decepcionante comienzo de campeonato, Baggio marcó los dos goles con los que Italia venció a Nigeria en octavos de final, después marcó uno de los goles con los que vencieron a España en cuartos (el otro gol lo anotó Dino Baggio) y también marcó los dos goles con los que los italianos vencieron a Bulgaria en semifinales. En la gran final contra Brasil erró el lanzamiento del penalti definitivo con el que los brasileños ganaron el Mundial.

 Después de eso, en Italia comenzó a popularizarse una frase que dice:

 “Sócrates murió envenenado, pero Baggio… Murió de pie”. Esto debido a que, tras fallar el penalti decisivo, se quedó de pie mirando al infinito, como si hubiera muerto en ese momento.

 En el primer partido de Italia en el Mundial 1998 contra Chile, Vieri transformó en gol un pase de Baggio y marcó de penalti el 2-2 definitivo. También marcó un gol en el partido de clasificación contra Austria. Esta vez, Italia fue eliminada en cuartos de final por Francia desde los lanzamientos de penalti, esta vez, Baggio transformó su penalti aunque a la postre no serviría de nada.

 El seleccionador italiano Dino Zoff no convocó a Baggio, para la Eurocopa 2000, como tampoco lo convocó Giovanni Trapattoni para el Mundial 2002, esta decisión fue muy criticada desde Italia, demostrando que lamentablemente muy pocos futbolistas que debutaron en 1990, no lograron llegar al primer mundial del siglo xxi que fue el 2002, se quedan en 1998 como su tercer mundial después de 1994. Poco después, Baggio insinuaba su retirada definitiva de la selección al decir: «Tras dos años, he decidido quedarme en Italia, escogiendo Brescia y Mazzone que probar para intentar ganarme un puesto en el Mundial».

 Jugó con la Selección de Italia desde 1988 hasta 1999, siendo convocado una última vez en el año 2004 para disputar un partido amistoso contra la Selección de España, el 28 de abril, en el Estadio Luigi Ferraris de Génova.